先看勞工請假規則第10條：
勞工請假時，應於事前親自以口頭或書面敘明請假理由及日數。但遇有急病或緊急事故，得委託他人代辦請假手續。辦理請假手續時，雇主得要求勞工提出有關證明文件。

所以雇主有權要求相關證明。
但是否要當天的看診證明才算數？這點法令沒有規範，回到勞雇雙方約定。
可能要看公司的工作規則裡是否寫明

不過既然已有在上班時間之前以簡訊請假，
就不算無故缺勤，不應以曠職論
即使無法提出當日病假就診證明，頂多改請事假

退一步說，即使以曠職論
台(74)內勞字第313275號函：
「勞工曠工當日工資得不發給，惟應以扣發當日工資為限。有關規定並應明定於工作規則，報准主管機關後公開揭示。」
曠職最多扣發當日工資，曠職一日扣二日工資是不合法的

此外依照勞基法第12條第1項第6款：
  勞工有左列情形之一者，雇主得不經預告終止契約：
  六、無正當理由繼續曠工三日，或一個月內曠工達六日者。
曠職兩日就免職，也不符合法令規定

以此看來，雇主有可能不懂法令規定
建議可整理相關規定，並與雇主溝通
如協商無效，堅持扣二日工資，可能有違反勞基法第22條第2項的問題
「工資應全額直接給付勞工。但法令另有規定或勞雇雙方另有約定者，不在此限。」
可依公司所在地，洽當地主管機關的申訴管道
申訴管道可參閱勞動部：可申訴之相關單位
另也可考慮依勞基法第14條第1項第6款終止勞動契約，並請求資遣費。
（但要注意「勞工得於知悉損害結果之日起，三十日內為之」的期限）