「醫師納勞基法」專案，原先預計108年9月1日起，聘雇醫師不論是住院醫師或主治醫師，都將全面納入勞基法。

衛福部在10月4日，於立法院社環委員會進行「醫師納勞基法」專案報告時表示，住院醫師的部分，工作樣態單純，以平均每周80小時為規範，準時納入勞基法。並預計在今年底，公布「醫療機構與住院醫師勞動契約範本」，為住院醫師納勞基法提供參考。

然而，由於主治醫師待命時間與開刀時間的不定性，納入勞基法恐會增加醫療糾紛，故暫緩主治醫師納入勞基法的時間，這個說法因而引起醫界一陣反彈聲波。

醫事司長石崇良表示，衛福部目前是希望按照「醫師勞動權益保障及工作時間指引」，制定審核標準（每週八十小時、四週三百廿小時、可連續工作廿八小時）。主治醫師暫時排除的原因在於，主治醫師雖屬受僱醫師，但因工作型態與住院醫師相差甚大，目前仍與各大醫院內部達成共識。

醫改會副執行長朱顯光表示，衛福部聲稱「無法取得共識」，其實是因為開會協商只找了醫院高層經營者或學會大老。質疑協商未廣邀所有醫療人員工會，缺乏第一線工作者的心聲，是否想用拖延戰術，敷衍醫療人員？