不太清楚您的職業和行業別，若合約本身違反勞基法，那合約本身就是無效的！
１
關於簽署最低服務年限的問題，可先參閱：
老闆說要綁N年─勞動契約的最低服務年限約定合法嗎？ ∣ 法律百科
勞基法第15-1條第1～3項：
未符合下列規定之一，雇主不得與勞工為最低服務年限之約定：
一、雇主為勞工進行專業技術培訓，並提供該項培訓費用者。
二、雇主為使勞工遵守最低服務年限之約定，提供其合理補償者。
前項最低服務年限之約定，應就下列事項綜合考量，不得逾合理範圍：
一、雇主為勞工進行專業技術培訓之期間及成本。
二、從事相同或類似職務之勞工，其人力替補可能性。
三、雇主提供勞工補償之額度及範圍。
四、其他影響最低服務年限合理性之事項。
違反前二項規定者，其約定無效。
通常是雇主花了大量的成本，培訓勞工（例如：航空機師）
希望勞工受訓完能有較長的服務期間
或是雇主為了綁住勞工，提供一筆簽約金，如果勞工提前離職，則要返還簽約金
所以可能要先確認您公司的培訓內容
如果所謂的培訓期，並沒有額外的訓練支出
或是訓練成本不高，使合約期間不合理，則該合約可能無效
２
第九條也有問題
勞基法第38條第2項：
前項之特別休假期日，由勞工排定之。但雇主基於企業經營上之急迫需求或勞工因個人因素，得與他方協商調整。
特別休假是勞工依法享有的權利
且新制上路後，已經將特休排定權交給勞工
雇主有需求，可以協商，但不能強制，否則有限縮勞工行使權利的問題
３
勞工局處理勞資問題有兩條路線
一是申訴檢舉，勞工局經勞動檢查確認違法情節後，依法開罰
但這只限於行政裁罰，並不會釐清雇主要返還多少工資、加班費、資遣費
（勞工局是行政機關，不是司法機關）
如果要追討工資、資遣費或加班費等權益，要另外申請「勞資爭議調解」
同樣是向勞工局申請，兩條路線並不衝突
調解如果失敗，後續就是走法院訴訟追討
建議您可向公司當地主管機關申訴
申訴管道可參閱勞動部：可申訴之相關單位
https://www.mol.gov.tw/topic/3067/5990/5999/14489/
