國定假日後入職，公司可以「扣員工全勤獎金」嗎？

「全勤獎金」其實一直是主管機關沒有完全講清楚的一個項目
全勤獎金的性質是工資，這一點已很確定（台87勞動二字第 040204 號函）
法令中並沒有規範全勤獎金的發放方式
基本上由勞資雙方協商後，明定於團體協約或工作規則中，報主管機關核備
（台76勞動字第 4560 號函）
而實務上的定義，全勤獎金是鼓勵每月正常出勤的獎金
常見因事/病假、遲到早退等不正常的出勤，而扣發獎金
主管機關只針對若干不可扣全勤的狀況做出解釋
另針對基本工資內含全勤，可能因扣全勤而低於基本工資的狀況做出限制
（台77勞動二字第 14423 號函）

而您提到的內容，應該是來自於勞動條 4字第 1040130878 號令：
核釋性別工作平等法第二十一條第二項規定，受僱者為育嬰留職停薪之請求時，雇主不得視為缺勤而影響其全勤獎金、考績或為其他不利之處分。查育嬰留職停薪係勞動契約暫時中止履行之狀態，受僱者依法免除該期間之出勤義務，雇主不須給付工資。倘勞雇雙方約定之工資項目有全勤獎金者，其育嬰留職停薪全月未出勤期間，不須給付全勤獎金。但其留職停薪前後非足月提供勞務之期間，雇主仍應就受僱者出勤提供勞務之情形，依比例給付全勤獎金。
 

亦即不足月且在職的部份，只要有正常出勤，仍應該享有依比例計算的全勤獎金