依勞基法第30-1條及第32條規定,一日工時不能超過12小時 。所以,如果是08:00開始上班,扣掉午休1小時,則合理工作時間不能超過21:00。
另外,依勞基法35條規定：勞工繼續工作四小時,至少應有三十分鐘之休息,但實行輪班制或其工作有連續性或緊急性者,雇主得在工作期間內,另行調配其休息時間。所以,午休過後到晚餐時間應有適當休息時間。
如果早上有計算為特休,則早上的特休時間應計入工時計算,則超過8小時以上,自然要計算加班費。另外,每日工作時數(含特休時數)不得超過12小時。
上午特休時間,可經協商改為延後上班,則無需扣特休時數。自然,雇主可以少支付加班費用。或許是一個勞雇雙方都有好處的結果。
依勞動基準法施行細則第7條規定，勞工工作開始及終止之時間、休息時間、休假、例假、請假等有關事項，應由勞雇雙方於勞動契約約定。任一方有調整工作時間之必要時，應與他方重行協商合致，始得為之。
因此工時若調整為1300~2400，勞資協商並同意後，可以做此調整，
但特休假的成立需用來抵充出勤的義務，若標的時間區段不列入工時範圍，則無需請假。
這個問題可以先參考勞動部對遲到類似狀況的解釋：
勞工遲到的時段，是否仍應納入工作時間計算？
勞工遲到的時段，不論採遲到扣薪或以請事假方式處理，於計算該日延長工時時數時，遲到或請事假的時段仍應與該日提供勞務時數合併計算。惟若雙方對於勞工遲到之事實，於當日原定正常工作時間不變之前提下，協商合議調整工作開始及終止時間者，得以超過變更後之正常工作時間計算延長工時。
因為遲到可能是以遲到扣薪或是請事假處理，部份公司也允許以特休抵充
故概念相通，可以引用
簡單說，工作時間是可以透過勞資協商調整的
如果協商調整當日工作時間為13:00~24:00，自無不可，
但是上午時間就不會是特休的狀況了
既然調整，上午就不是工作時間，沒出勤是應該的，何須請特休？
但如果上午堅持要扣特休，
而特休就是用來抵免正常工作時間的出勤義務，自然要算工時
也就是您第一段認知的：超過21:00即超過12小時，將違法
結論：
1.要協商，經勞工同意
2.上午不能算特休
