• 依功能分類：

1 . 全能幹細胞（Totipotent），由卵子和精子的融合產生受精卵後，受精卵分裂，而受精卵在形成胚胎過程中八細胞期之前任一細胞皆是全能幹細胞。具有發展成獨立個體的能力。也就是說能發展成一個個體的細胞就稱為全能幹細胞。

• 具有形成完整個體的分化潛能，如胚胎幹細胞（ES細胞），受精卵就是最高層次的胚胎幹細胞。

2 . 萬能幹細胞（Pluripotent），是全能幹細胞的後裔，無法發育成一個個體，但具有可以發育成多種組織的能力的細胞。

• 具有分化出多種細胞組織的潛能，如造血幹細胞、神經細胞。一種或多種組織的起源細胞，它能分化出多種類型細胞，但不可能分化出足以構成完整個體的所有細胞。

3 . 多功能幹細胞（Multipotent），只能分化成特定組織或器官等特定族群的細胞（例如血細胞，包括紅血細胞、白血細胞和血小板）。

4 . 專一性幹細胞（Unipotent），只能產生一種細胞類型；但是，具有自更新屬性，將其與非幹細胞區分開。

• 只能向一種或兩種密切相關的細胞類型分化，如上皮組織基底層的幹細胞，肌肉中的成肌細胞。

幹細胞還可以依照來源來區分，見下節。