研發替代役制度各階段審查作業中，研發營運計畫審查及簡報審查兩項，係借重審查委員對產業之專業瞭解，依據申請單位提出之研發營運計畫書及簡報給予審慎審查與評分；研發成果審查係依據申請單位繳交之研發成果證明文件查驗結果計分；營運能量及管理考核量化指標計分係依每一家申請單位的六項營運能量評量指標，與所屬同產業／所有產業相互比較，依比較後所在位置等級各別計分，這些指標分別可相對地評量出其財務結構、償債能力、經營能力、獲利能力、營收成長率等，盡量降低主觀因素的涉入，再配合管理考核量化指標計分，有效提高審查評分客觀度及對制度管考之重視度。 　　EPS並未列為量化指標計分項目，而僅作為審查委員於研發營運計畫審查及簡報審查2階段之評分參考及判斷，故實無員額申請審查機制對低EPS者不利之預劃，申請單位之EPS數值不會對加權總分及核配員額數有直接且絕對之影響性。