1.研發替代役役男於服役期間若經診斷確定罹患足以危害團體健康及安全之疾病或經鑑定不堪服役者，即符合替代役役男傷病停役檢定標準規定者，可依替代役實施條例第10條規定，停服替代役，即停役。 雖然無論常備役體位或替代役體位，都可以選擇研發替代役，但需要注意的是：如果服役期間有體位變更狀況，必須到指定的複檢醫院檢查後，才能產生停役判定。 2. 研發替代役的「回役」機制是指當役男符合替代役實施條例第10條規定之停役情形者，可以停服研發替代役，而停役期間是不被算入研發替代役役期的。停役原因一旦解除，就應該回原服勤單位繼續服勤，補足應服的役期，並由主管機關指定服役類別、服勤單位或用人單位。 3.由用人單位至資訊管理系統登錄並列印停役名冊，另檢附行政院衛生署評鑑合格醫院診斷證明書，函送至內政部役政署審查（地址是：54071南投縣南投市中興新村光明路21號），若達到標準經過審查會先停役，停役期間不算入役期，等因病停役情況消滅時視狀況再回役補服役期。 至於申請程序，上內政部網站就可以進行了。先以用人單位帳號／密碼登入資訊管理系統後，點選內政部網站首頁左側功能選單【法令規章】，再點選「替代役役男傷病停役檢定標準」檔案並下載，然後點選【役男管理】中的【停役申請】功能進行申請。