依據替代役實施條例第8條之規定，第一、二階段研發替代役之薪俸、地域加給及主、副食費，比照國軍義務役軍官士兵標準發給，故薪俸、地域加給、主副食費部分應依此規定發給。至於研發替代役役男各項福利、激勵措施，除依替代役實施條例所規範之法定項目（出差費、加班費）或勞動基準法、勞工退休金條例等相關法規規定必須辦理的項目（退休提繳金、企業團保…等）外，用人單位另可依市場機制及單位人事政策、預算情況，考量提供研發替代役役男各項福利、激勵措施，其給付標準由用人單位自訂。 　　惟研發替代役本質仍屬役男對兵役義務之履行，研發替代役男願意服較長役期、接受較低薪給條件投入研發服務之列，多數係基於生涯規劃與就業遠景之深度考量，為避免惡性競爭破壞研發替代役制度美意與公平性，建議各用人單位，應儘量避免以提高薪給待遇為吸引優秀人才之主要手段，而應擴大格局，以公司願景、產業潛力、未來發展性為吸引役男服務意願之核心誘因。