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由主管機關（內政部役政署）給付研發替代役役男第1、2階段薪餉，依據財政部台財稅字第09604047670號函規定，替代役役男之薪餉，可適用所得稅法第4條第1項第1款現役軍人之薪餉免納所得稅，係指政府依替代役實施條例第8條規定給付一般替代役役男及第1階段、第2階段研發替代役役男之薪餉。
至於第3階段的話，因為研發替代役役男與用人單位具僱傭關係，其薪資依勞雇雙方契約約定，與一般替代役役男及第1階段、第2階段研發替代役役男自政府領取法定薪餉，尚屬有別，故第3階段研發替代役役男自用人單位領取之薪資，用人單位於給付時，應依規定辦理扣繳。
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