依替代役實施條例第55條之2規定，研發替代役役男有下列情形之一者，主管機關得依申請或依職權廢止其研發替代役資格，改服一般替代役，補足應服役期： 對用人單位管理人員施暴或有重大侮辱之行為。 違反服勤管理規定，情節重大。 故意耗用物品或洩漏機密資料，致用人單位受有損害。 私自經營與用人單位相關之事業。 其他有害用人單位權益，經主管機關認定情節重大應廢止其資格。 依據「替代役實施條例」第18條之1第2項規定，用人單位有下列情形之一者，主管機關得依申請或依職權轉調研發替代役役男至其他用人單位： 因計畫變更或裁撤，無法容納現有役男。 因歇業、轉讓或停工達一個月以上。 對役男有施暴、重大侮辱行為或危害健康之情形。 未依第六十條之一第一項規定繳納研究發展費。 經主管機關廢止其分配員額。 其他有害役男權益，經主管機關認定情節重大應予轉調。 　　前項申請經主管機關核定或主管機關依職權轉調者，用人單位與研發替代役役男原訂契約終止，由轉調後之用人單位與役男重新簽訂書面契約，送主管機關備查。惟申請原因中並無「役男不適任」一項，故用人單位申請研發替代役男轉調作業時，仍請依上述規定事由、程序辦理。