「僅有業務、RD、行政人員在台灣」
聽起來就是外地還有公司或工廠
假設沒有時差問題（還在東亞地區）的話，通常上班時段不是要配合工廠的作業時間、就是要配合客戶的工作時間。

在這前提下，彈性會相對侷限，至少業務和行政是一定要配合工廠/客戶時間的
比較常見的就是彈性半小時～一小時上下班
還是要打卡，但是早到班的人可以早下班

工程師的話，就看是維修客服性質還是研發性質
純研發工程師，上下班可以更彈性些。這類工程師有時可以為了研發，搞到半夜兩三點還不回家。
至於有維修客服性質的工程師，可能就一樣要配合客戶上班時間了，比照業務吧～

而延長工時的部份，依法就是要給加班費
目前法令不禁止補休，所以常見的就是補休
（注意！加班費的權利不能事先拋棄！）
個人經驗有限，暫時還沒遇到加班費與補休兩者以外的作法

不過純研發工程師熬通宵，工時經常過長，過去倒是聽過一個做法：

凡當日工作時間滿12小時，且超過凌晨1點才下班的同仁，次日上午不必上班。

條文是「不必上班」，但實際執行上是要求一律過中午才到班
有一種挪移工時/強迫立即換休的概念，防止每月總工時超過法令限制

聽來的，參考看看......