馬偕醫院附設「護理之家」獲選國家生技醫療產業策進會「SNQ國家品質標章─護理照護服務類照護機構服務組」及「2010國家生技醫療品質獎」。
馬偕醫院附設「自殺防治中心」也榮獲「SNQ國家品質標章─醫療院所類－醫院特色專科組」認證。
護理之家
馬偕「護理之家」共有110床，分為三個樓層，為徹底做好感染控制，在各樓層各設置了三張隔離觀察床，新入住住民皆在此接受七天的觀察照顧，無感染者才正式收住，真正做到零污染，也是感染管制最落實的長照機構。
護理之家住民年齡平均86歲，其中完全依賴者占63%，重度依賴者占28%。由於護理人力和照護服務員之配置充沛、經驗豐富，每天都依照護計畫，運用自行製作之44種相關輔助措施，協助失能住民下床活動，以及提供個別化復健服務，讓大多數住民皆能維持既有的日常生常照顧能力，甚至有些住民自我照顧能力提升而出院回家。
在環境與空間規劃上，均能注意動線及安全，並設有陽光室、懷舊區和家屬接待區等，讓住民有「家」的感覺，滿意度每年皆在90%以上，歷年督考及評鑑，不但是該縣最優，2009年更為全國最優，其對住民所提供的優質照護，廣受社會肯定。
在醫療照護團隊努力下，不但住民皆能獲得最優質服務，而且對有安寧療護需求者，亦能無縫的銜接，讓年邁的長者得以善終。此外，對插有三管的住民，其鼻胃管、導尿管和氣管內插管的滑脫率亦低，且無感染現象發現，跌倒率亦低，上列數值皆優於全國，而且已達國際水準。
自殺防治中心
「自殺防治中心」於2005年9月成立，建立自殺個案即時通報及自殺防治特別門診【平安門診-Life Promotion Clinic (LPC)】，提供自殺未遂個案追蹤輔導服務，主動積極針對高危險者進行個案管理，也提供自殺遺族之悲傷輔導等。
「自殺防治中心」透過施行由美國西雅圖華盛頓大學心理所的Dr. Marsha Linehan，所設計的一項針對邊緣性人格及其治療師的辯證行為治療方式(dialectical behavior therapy, 簡稱 DBT) ，應用在邊緣性人格等人格障礙、頑固性憂鬱症、躁鬱症、慢性自傷行為，及其他情緒嚴重失能的個案，對於憂鬱症狀、情緒調節與生活功能與適應，都有顯著療效。
自成立以來，已個管服務了4882位自殺的個案，並已在五年內協助國內許多醫院成立自殺防治中心，達到網網相連，你我都是自殺防治守門人的目標宗旨。
自殺防治中心工作業務服務內容如下：
(1) 建立院內、院外自殺個案通報系統及設置平安門診。
(2) 以辯證行為治療為主要模式提供自殺未遂個案追蹤輔導服務：
1.提供每週2.25小時的辯證行為治療技巧訓練團體（DBT skills training group）。
2.每週一至二次的個別心理治療。
3.個別治療師電話追蹤病人並教導在一般環境中使用技巧。
4.個別心理治療的治療師與團體技巧的訓練者每週一次團隊會議。
5.辯證行為治療計畫指導者架構治療環境，個管師幫助個案架構他們的環境。
(3) 提供自殺者遺族心靈照顧計畫：以建構主義心理學(constructivist psychology)進行建構主義心理治療(constructive psychotherapy)，包括個別悲傷治療與說故事團體。
(4) 辦理自殺防治相關教育課程：包括院內與院外各項自殺防治課程、宣導心靈復甦術等自殺防治守門員課程，協助其他醫院成立自殺防治中心。
(5) 擴大社區關懷與安全網：結合教會等各宗教牧關網路、學校與社區資源，建立社區關懷網。