您雖未提及您的到職日
不過從2013、2014的特休天數來看，公司應該沒有優於勞基法的狀況
除非公司特休為預給制
如果您是2012/1/27以後到職；或2012年有部份特休，則公司有可能是有優給的狀況
如果您於2011/11/8以前到職，甚至可能其實公司制度是有少給的狀況
除了上面提到的預給制狀況以外，基本上舊制給假天數不會比新制多

比較合理的推論是：
公司要追討您特休，可能與新舊制轉換無直接相關
而可能是在轉換過程中，發現其實「留職停薪期間不計年資」
假設您2012/12/1到職，在未扣留停期間年資之前，2013、2014曆年制特休均為7天
2017/1/1要從曆年制改週年制時，您的年資是滿4年的狀態
但其實兩段留職停薪半年，均不計年資，2017/1/1實際年資應該是滿3年的狀態
因此自留停以來，都因未扣留停年資，使得特休也多算了

如果上面的猜測沒錯
則從主管機關的角度，這是優於勞基法的給假，而優給的部份，主管機關並不會過問
而對公司來說，重新正確計算年資是必要的
但若追討多給的特休，這部份可能就有點爭議
畢竟是公司人資/人事在計算年資方面發生錯誤，不應該歸責勞工
且事隔二、三年，追討則有損公司氣度
比較有可能是人資/人事為彌補錯誤而做的決定
公司應耐心對員工說明，取得諒解與同意，而非逕行宣告追討

若是上面的推論有誤，的確是公司原本優於勞基法，現在要取消
則可參閱：『曹新南專欄』優於勞基法的部分 公司可以直接片面調降嗎？