第2類：病原體零件當抗原，安全性較佳

所謂「次單位疫苗」和「合成胜肽疫苗」均為此類。

B型肝炎疫苗、嗜血性B型桿菌疫苗及肺炎鏈球菌疫苗，都屬「次單位疫苗」，透過分子生物學或化學方法，純化出最關鍵、能引發適當免疫反應的「病原體部分結構」，例如蛋白質或是多醣體來作為抗原。這種疫苗不具感染性，能避開病原體不必要的毒素，移除妨礙有效性的物質，不過未必能產生正確的免疫記憶。

胜肽疫苗是以胜肽(短鏈的胺基酸)誘發抗體反應，以這次的2019新型冠狀病毒為例，其為RNA病毒，整個核酸長度約3萬個鹼基，各基因區段會對應產生不同蛋白質。因此，當病毒基因序列定序完成，就可以人工合成出胺基酸和胜肽，過程不需活病毒，製備過程快速，也是國衛院目前研發速度最快的一支疫苗。這類疫苗研發關鍵在於找到抗原性最佳、最能產生有效抗體的胜肽片段。

第3類：重組病毒、類病毒，免疫不全者較不適合

所謂「重組病毒疫苗」和「類病毒顆粒疫苗」均為此類。 

「重組病毒疫苗」就是把病毒的抗原，在另一個弱感染性病毒（例如牛痘病毒、腺病毒）的殼上表現，不僅可以產生抗體，也可以釣出「殺手T細胞」；由於病毒本身感染性不強，不致對人產生很大危害，但免疫不全的人就較不適用。

這同樣是國衛院鎖定研發的疫苗種類之一。國衛院副院長司徒惠康解釋，這是拿比較不毒的病毒當載體，放入2019新型冠狀病毒抗原基因，如此一來這個病毒不太有致病性，但有抗原性，製備門檻雖比胜肽複雜，不過也預期有不錯的免疫刺激能力。中國方面，目前則鎖定腺病毒、減毒流感病毒來作為載體研發。

另一種「類病毒顆粒疫苗」，則類似像「空包彈」，只有病毒空殼，以及有病毒的蛋白質顆粒，但不具遺傳物質，在人體內無法複製，安全性高，其類病毒結構能誘發免疫反應。HPV疫苗屬於這類疫苗，由人類乳突病毒的類病毒顆粒所製成。