因應新型冠狀病毒疫情，在提供「防疫隔離假」薪資給付說明前，首先先來了解「防疫照顧假」與「防疫隔離假」之差異。

依據臺北市政府勞動局之說明如下 (註1)：
1.「防疫隔離假」是依據「嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別條例」的措施。是在衛生主管機關認定應隔離/檢疫的情況下，針對受隔離/檢疫者，或家屬為了照顧生活不能自理的受隔離/檢疫者，而必須請假者。

2.「防疫照顧假」則是中央流行疫情指揮中心依據「災害防救法」所做的應變處置。是在高中以下延後開學或「停課」的情況下，針對須親自照顧12歲以下學童、幼兒園幼兒或身心障礙學生者。倘若雇主不給假，處理方式包括 (註2)：1.勞工配合防疫照顧需求而未出勤，雇主不得視為曠工、強迫勞工以事假或扣發全勤獎金等不利之處分。2.雇主如扣發全勤獎金，將依違反《勞基法》22條工資未全額給付處罰；如強制勞工一定要請特別休假或事假，將依違反《勞基法》第38條或第43條規定處罰，處罰金額都是2萬元至100萬元。

以下提供「防疫隔離假」與薪資給付相關之重點整理。

（一）申請「防疫隔離假」資格

據《嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別條例》（以下簡稱：《防疫條例》）第3條規定(註3)，當受雇者符合以下兩個條件，雇主應該要給予「防疫隔離假」：1. 經各級衛生主管機關認定應接受居家隔離、居家檢疫、集中隔離或集中檢疫者因而無法出勤。2. 家屬為照顧生活不能自理之受隔離者、檢疫者而請假或無法從事工作之家屬，必須請假時可請防疫隔離假。

（二）「防疫隔離假」須給付薪水之原因

視受隔離/檢疫的原因而定：可歸責於雇主時，雇主應給薪。例如：若雇主可以預見要員工出差返國後，員工將受衛生主管機關通知隔離/檢疫，此時仍派員工出差，則受隔離/檢疫的原因是可歸責於雇主。又如果是其他因執行職務而受隔離/檢疫，需依個案情況認定隔離/檢疫的原因是否可歸責於雇主。若不可歸責於雇主時，沒有強制雇主要給薪。

（三）「防疫隔離假」可否扣全勤獎金

《防疫條例》中規定，接受居家隔離、居家檢疫、集中隔離或集中檢疫者，於隔離、檢疫期間，其任職之機關（構）、事業單位、學校、法人、團體應給予防疫隔離假，且不得視為曠職、強迫以事假或其他假別處理，亦不得扣發全勤獎金、解僱或為其他不利之處分。如有違反，雇主會被處以 5 萬元以上到 100 萬元以下罰鍰。特別提醒家屬為照顧生活不能自理之受隔離者、檢疫者而請假者，亦同。

（四）若雇主單方停班 不符補償要件

依據勞動部次長劉士豪說明(註4)，防疫隔離假要由衛生機關認定，符合規定者才可以請，如果只是雇主主動說不用來上班，不符合防疫隔離假要件。此外，因應防疫需要延後開學，家長為照顧十二歲以下兒童可請的「防疫照顧假」，則不屬於防疫隔離假。另外，在此情況下雇主也不得強迫勞工用自己的假來請假，且應照付工資。